A Assembleia da República (AR) tem competências específicas no âmbito dos assuntos europeus, conforme lhe são atribuídas, quer pela Lei n.º 43/2006, de 25 de agosto (que regula o acompanhamento, a apreciação e a pronúncia da AR no âmbito do processo de construção da União Europeia (UE)), quer pela própria Constituição, quer, ainda, por decorrência do Tratado de Lisboa, que apresenta um conjunto de inovações sobre o papel dos Parlamentos Nacionais na União Europeia.
Assim, a AR pode pronunciar-se sobre as matérias pendentes de decisão em órgãos da União Europeia que incidam na esfera da sua competência legislativa reservada (art. 161.º, alínea n) da Constituição), assim como acompanhar e apreciar, nos termos da lei, a participação de Portugal no processo de construção da UE (art. 163.º, alínea f) da Constituição).
Por seu lado, a Lei n.º 43/2006, de 25 de agosto, define que a AR se pronuncia também sobre a conformidade com o princípio da subsidiariedade de propostas legislativas da UE (art. 3.º) e, em termos gerais, sobre os documentos de orientação das políticas e ações da UE (art. 4.º e 7.º), elencando o processo de apreciação parlamentar, que pode resumir-se no seguinte esquema:

Como se verifica no fluxograma acima, a AR recebe, através da Comissão de Assuntos Europeus (CAE), as iniciativas emanadas das várias instituições europeias, procedendo ao seu encaminhamento, em razão da matéria, para as várias comissões parlamentares, que podem deliberar produzir um Relatório.
Nas situações em que as comissões parlamentares permanentes aprovem Relatório, este é enviado para a CAE. A CAE elabora então um Parecer final, em que se pronuncia sobre a conformidade de uma dada iniciativa com o princípio da subsidiariedade e faz refletir as eventuais preocupações expressas sobre a substância da proposta europeia pela comissão competente em razão da matéria, e que é debatido pelos deputados da CAE, dos vários grupos parlamentares.
Por fim, o Parecer aprovado pela CAE, assim como o Relatório, são enviados, pelo Presidente da Assembleia da República às instituições europeias e ao Governo.
No caso de se considerar que a proposta em apreciação viola o princípio da subsidiariedade ou que dela decorrem efeitos considerados politicamente relevantes para Portugal, o Parecer da CAE pode ser submetido a Plenário para votação.
O processo acima descrito tem de decorrer num prazo de oito semanas, conforme previsto no Tratado de Lisboa no que se refere à pronúncia dos Parlamentos Nacionais sobre a observância do princípio de subsidiariedade pelas iniciativas europeias.
A CAE adotou também um procedimento específico, o “escrutínio reforçado”, para o que considera serem iniciativas prioritárias. Cada Comissão Parlamentar, aquando da elaboração anual do seu Relatório sobre o Programa de Trabalho da Comissão Europeia, informa sobre se pretende submeter alguma iniciativa legislativa ou algum assunto a um escrutínio reforçado, selecionando a CAE seis iniciativas por ano para este efeito. Assim, para as seis iniciativas que, em cada ano, a AR considera prioritárias para efeitos de escrutínio, a CAE prepara, em articulação com a Comissão Parlamentar competente, um programa de audições com membros do governo, de instituições europeias e de representantes dos setores de atividade envolvidos no âmbito das mencionadas propostas.
Para além dos procedimentos referidos, a CAE procede também ao regular escrutínio das propostas, ou seja, para além do controlo do princípio da subsidiariedade no prazo de oito semanas, assim como, sempre que tal se impõe por alguma razão premente, recorre a um “escrutínio urgente” para se poder pronunciar atempadamente sobre alguma questão que surja e que seja considerada politicamente relevante para o país.
Fiinalmente, cumpre referir que desde a entrada em vigor da Lei, em 2006, a AR implementou com sucesso uma metodologia de acompanhamento sistemático das iniciativas europeias, o que proporcionou o escrutínio de um número significativo de iniciativas europeias, gerando uma importante dinâmica interna, envolvendo a Comissão de Assuntos Europeus e as comissões parlamentares permanentes.
O resultado deste trabalho tem-se refletido no progressivo aumento do número de pareceres parlamentares remetidos às instituições europeias e, consequentemente, no facto de a AR se ter afirmado com o Parlamento nacional mais ativo na participação no processo legislativo europeu, ocupando o primeiro lugar do ranking dos Parlamentos que mais pareceres enviou para a Comissão Europeia, em 2008 e 2009, como pode ser observado no quadro que se segue:

A posição que a AR ocupa implica, doravante, responsabilidades acrescidas, uma vez que passou a ser considerada como uma referência nestas matérias pelos outros Parlamentos nacionais.