Em 1826, Joaquim António de Aguiar foi eleito Deputado às Cortes Cartistas. Porém, com o regresso de D. Miguel, exilou-se em Londres durante quatro anos (1828-1832). Regressa a Portugal em 1832 e assim que os liberais alcançam Lisboa, este jurista assume as funções de Procurador-Geral da Coroa e de Conselheiro do Supremo Tribunal de Justiça, tendo sido nomeado sucessivamente Ministro do Reino (1833, 1841, 1866), da Justiça (1834, 1836, 1841, 1846). Em 1841 foi pela primeira vez Presidente do Conselho, cargo que lhe foi renovado em 1860 e em 1865.
Em 1852 deixou o seu lugar de Deputado ao ser nomeado Par do Reino, tendo tomado assento na câmara alta e, em 1860, foi nomeado Conselheiro de Estado efetivo.
Da sua atividade parlamentar podem destacar-se a proposta de extinção das Ordens Religiosas Regulares e a colaboração na elaboração da lei da liberdade de imprensa. Integrou também a comissão especial para a composição do código penal e foi eleito membro da comissão de legislação.